Sebanyak 4 program studi di FMIPA UNY memperoleh akreditasi unggul dari Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK). Prodi tersebut adalah S1 Pendidikan IPA, S1 Pendidikan Biologi, S2 Pendidikan Kimia, S2 Pendidikan Fisika. Akreditasi berlaku dari 2025-2030. 
Dekan FMIPA, Prof. Dr. Dadan Rosana, M.Si., mengatakan ini adalah hasil kerja keras dari Prodi maupun Fakultas yang telah mempersiapkan borang akreditasi.  Tahun  ini FMIPA UNY ada 11 Prodi yang melakukan re-akreditasi dan ada 4 yang sudah keluar hasilnya dari LAMDIK yaitu terakredirasi unggul.